El gobierno universitario es ejercido por distintos órganos con representación plural de los cuerpos universitarios.

El Estatuto de la UNL establece que son miembros de la comunidad universitaria del litoral los siguientes cuerpos:

- Cuerpo del Personal Académico, integrado por los docentes-investigadores-extensionistas designados conforme a los procedimientos, integrados en las categorías de: Profesores titulares, asociados y adjuntos; Docentes Auxiliares: jefes de trabajos prácticos y ayudantes de cátedra; Profesores Consultos; Docentes Universitarios Contratados; Docentes Preuniversitarios.

- Cuerpo de Graduados, integrado con todos aquellos que hubieren obtenido un título universitario en esta Universidad cualquiera sea su lugar de residencia y con los de otras universidades, siempre que tuvieran vinculación académica con la Universidad Nacional del Litoral; y que hayan realizado la inscripción en el padrón pertinente, atendiendo a la especialidad por Facultades.

- Cuerpo de los estudiantes, integrado con los inscriptos en los registros de cada Facultad, Escuela y Centro Universitario en los niveles preuniversitarios, universitarios de pregrado y grado, ya sean de propuestas presenciales o a distancia, de carreras a término, y/o aquéllos que formen parte de programas de intercambio estudiantil.

- Cuerpo de No Docentes, integrado con la totalidad de los agentes no docentes que figuren en la planta Permanente de la Universidad.

En el Estatuto se definen como órganos de gobierno: la Asamblea Universitaria; el Consejo Superior; el Rector (que es elegido junto con el Vice-rector cada cuatro años).

El Consejo Superior está integrado por el Rector, los Decanos en representación de las Facultades, nueve Consejeros Profesores (seis por los titulares/asociados y tres por los adjuntos), dos Consejeros Docentes Auxiliares, tres Consejeros por el Claustro de Graduados, seis Consejeros por el Claustro de estudiantes y dos Consejeros por el Cuerpo de No Docentes.

En cada Facultad el gobierno es ejercido por el Decano y un Consejo Directivo, integrado por el Decano; diez Consejeros por el Personal Académico -debiendo ser cinco de ellos profesores titulares o asociados, tres profesores adjuntos y dos docentes auxiliares-; tres consejeros graduados, seis consejeros estudiantes y un consejero no docente.  

Los Consejeros profesores duran cuatro años en sus funciones. Los consejeros Docentes Auxiliares y graduados, dos años. Los Consejeros estudiantes, un año. 

Cada 4 años el Consejo Directivo de la Facultad elige Decano y Vicedecano. El Consejo Directivo de la FHUC designa a su vez al Director del Instituto Superior de Música.

Tanto en el ámbito de la Universidad -el Rector- así como a nivel de la Facultad -el Decano- llevan adelante las acciones establecidas en Planes y Programas de desarrollo institucional junto con un equipo de gestión que integran secretarios, directores y coordinadores en las diferentes áreas.

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